在Chrome浏览器中，可以通过设置同步下载目录来确保移动端和桌面端之间的文件同步。以下是设置方法：
1. 打开Chrome浏览器，点击菜单栏的“更多工具”>“同步”。
2. 在弹出的窗口中，点击“设置”，然后选择“同步选项”。
3. 在同步选项页面，勾选“同步下载目录”复选框。
4. 点击“保存”按钮，完成设置。
这样，Chrome浏览器就会将下载的文件存储在指定的同步目录中，无论用户在哪个设备上进行操作，都可以方便地访问和管理这些文件。